El CD Móstoles URJC se funda el 14 de junio de 1996 con la denominación de CDE El Soto debido a que su origen estuvo ligado a la AAVV El Soto de Móstoles. Tres años después, el 28 de mayo de 1999, se desvincula de dicha asociación y pasa a denominarse CD Juventud de Móstoles.
El 22 de agosto de 2005 se firma un Convenio de Colaboración con la Universidad Rey Juan Carlos y el club pasa a denominarse CD Juventud URJC Móstoles.
Tras la desaparición deportiva del antiguo CD Móstoles, en abril de 2012, el Ayuntamiento de la ciudad saca a concurso público la Cesión del Estadio Municipal “El Soto”. El CD Juventud URJC Móstoles gana ampliamente dicho concurso, pasando a ser el usuario único de dicha instalación por ser el máximo representante del fútbol de Móstoles y sus méritos deportivos. Los azulones pasan a denominarse CD Móstoles URJC, nombre actual del club.
En julio de 2016, el club firma un Convenio de Colaboración con la Fundación «Iker Casillas», en virtud del cual el citado futbolista profesional, cuyo curriculum no mencionamos por su extensión y por ser sobradamente conocido, se convierte en una pieza muy importante del proyecto deportivo del club.
El CD Móstoles URJC, que nació con un equipo Alevín de Fútbol 7, ha tenido una progresión imparable desde que decidió conformar una estructura de club que le permitiese la formación integral del jugador, desde su inicio formativo hasta la conclusión del mismo, allá por la temporada 1999-2000.
Dicha formación está basada en los valores del deporte y recogidos de manera resumida en un LEMA en el que se cree firmemente y que forma parte fundamental del ideario del club: «TRABAJO, PASIÓN, CONSTANCIA y VICTORIA».
El CD Móstoles URJC se ha convertido en una de las mayores canteras de la Comunidad de Madrid y, por extensión, de nuestro país. En el siguiente cuadro se puede apreciar la evolución de los equipos. Además, el club cuenta con una Memoria Deportiva anual en la que puedes conocer los logros deportivos, conseguidos por los diferentes equipos en la temporada correspondiente.
Como se puede observar, el CD Móstoles URJC también es pionero en Móstoles en la configuración de una sección de fútbol femenino. Desde la temporada 2007/2008 hasta la actualidad, ha habido un crecimiento prácticamente progresivo. A día de hoy el club cuenta con 6 equipos femeninos: Senior, Juvenil ‘A’, Cadete ‘A’, Infantil ‘A’, Infantil ‘B’ y Alevín ‘A’.
En cuanto al Primer Equipo, inicia su andadura en la temporada 2005-2006 en 3ª División Regional, habiendo conseguido notables éxitos deportivos desde su creación.
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